Năm 2003, Trường Tiểu học Lý Tự Trọng chính thức khai giảng năm học đầu tiên 2003 - 2004 đánh dấu sự ra đời và phát triển.
Trải qua 22 năm hình thành và phát triển, vượt qua biết bao khó khăn vất vả của một môi trường giáo dục mà cơ sở vật chất còn nhiều khiêm tốn, với lòng yêu nghề, mến trẻ, tập thể cán bộ- giáo viên- nhân viên nhà trường đã không ngừng phấn đấu thực hiện tốt công tác giáo dục đáp ứng yêu cầu phát triển của xã hội nói chung, của ngành giáo dục thành phố nói riêng. Tập thể sư phạm nhà trường đã không ngừng áp dụng những sáng kiến kinh nghiệm vào công tác. Ban Giám Hiệu nhà trường luôn tăng cường cải tiến công tác chỉ đạo, nâng cao hiệu quả quản lý, bố trí công tác theo đúng năng lực của mỗi thành viên. Nhờ thế, qua từng năm, công tác giáo dục học sinh cùng các hoạt động của nhà trường đã có nhiều đổi thay cả về lượng lẫn về chất, ngày một tiến mạnh và thực sự đã tạo được sự tín nhiệm trong phụ huynh và học sinh.
Được sự quan tâm của Thành phố, Ủy ban nhân dân cùng Lãnh đạo Phòng Giáo dục và Đào tạo, sự hỗ trợ của Cha mẹ học sinh, cơ sở vật chất trường học ngày càng đầy đủ, khang trang, đổi mới. Môi trường cảnh quan sư phạm luôn xanh - sạch - đẹp đã thật sự tạo ra môi trường học tập, sinh hoạt, vui chơi an toàn, thân thiện đối với học sinh; giúp các em càng thêm yêu quý trường và thực sự mỗi ngày đến trường thêm một niềm vui.